Dear all,<br>&nbsp;<br>I am starting to work with GMOD and Chado, and I have uploaded genbank files from five different protozoan genomes, using bp_genbank2gff3.pl and gmod_bulk_load_gff3.pl scripts in our local chado v. 1.0 database.<br>
&nbsp;<br>I have run into two major problems when visualizing data with Gbrowse v. 1.69:<br>&nbsp;<br>·&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; The polypeptide feature shows nucleic acid sequence instead of amino acid, when clicked;<br>·&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; For four of the genomes (Leishmania sp. and Trypanosoma brucei) the others features work fine, but for T. cruzi, no data is provided when I click its features.<br>
&nbsp;<br>I have edited chado.conf file to work with my database and added the lines below:<br>&nbsp;<br>[Polypeptide]<br>feature&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = polypeptide<br>glyph&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = transcript<br>height&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>key&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Polypeptide<br>
bgcolor&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = green<br>&nbsp;<br>I&#39;m sending attached T. brucei and T. cruzi&#39;s GFF files and gbrowse conf file. I have a 80MB dump file and I can share it if needed.<br>&nbsp;<br>Thanks in advance,<br>&nbsp;<br>Newton Vidal<br>