<div dir="ltr">Hi Jason,<br><br>Sorry for the delayed response.&nbsp; I was on holiday at the end of last week.&nbsp; I&#39;ll look into this.<br><br>Dave C.<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jul 24, 2008 at 1:53 PM, Jason Phillips <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:japhill@email.unc.edu">japhill@email.unc.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>
I&#39;m having a problem with loading some sample gff3 data using the gmod 1.0 scripts.<br>
<br>
I have the latest version of bioperl and the latest version of postgresql installed.<br>
<br>
Here&#39;s what I do:<br>
<br>
1. &nbsp;I run the command:<br>
gmod_bulk_load_gff3.pl --unique_target --organism=&#39;monkey flower&#39; -a --skip --dbname chado &nbsp;-g test.gff<br>
<br>
on a simple sample gff3 file that looks like this:<br>
<br>
scaffold_4361 &nbsp; Swiss_Prot &nbsp; &nbsp; &nbsp;gene &nbsp; &nbsp;1968 &nbsp; &nbsp;2646 &nbsp; &nbsp;. &nbsp; &nbsp; &nbsp; + &nbsp; &nbsp; &nbsp; . &nbsp; &nbsp; &nbsp; ID=jasoQ9LNG5<br>
scaffold_4361 &nbsp; Swiss_Prot &nbsp; &nbsp; &nbsp;exon &nbsp; &nbsp;1968 &nbsp; &nbsp;2420 &nbsp; &nbsp;. &nbsp; &nbsp; &nbsp; + &nbsp; &nbsp; &nbsp; . &nbsp; &nbsp; &nbsp; Parent=jasoQ9LNG5<br>
scaffold_4361 &nbsp; Swiss_Prot &nbsp; &nbsp; &nbsp;exon &nbsp; &nbsp;2497 &nbsp; &nbsp;2646 &nbsp; &nbsp;. &nbsp; &nbsp; &nbsp; + &nbsp; &nbsp; &nbsp; . &nbsp; &nbsp; &nbsp; Parent=jasoQ9LNG5<br>
scaffold_4364 &nbsp; Swiss_Prot &nbsp; &nbsp; &nbsp;gene &nbsp; &nbsp;1337 &nbsp; &nbsp;1594 &nbsp; &nbsp;. &nbsp; &nbsp; &nbsp; + &nbsp; &nbsp; &nbsp; . &nbsp; &nbsp; &nbsp; ID=jasoQ9LM55<br>
scaffold_4364 &nbsp; Swiss_Prot &nbsp; &nbsp; &nbsp;exon &nbsp; &nbsp;1337 &nbsp; &nbsp;1594 &nbsp; &nbsp;. &nbsp; &nbsp; &nbsp; + &nbsp; &nbsp; &nbsp; . &nbsp; &nbsp; &nbsp; Parent=jasoQ9LM55<br>
scaffold_4515 &nbsp; Swiss_Prot &nbsp; &nbsp; &nbsp;gene &nbsp; &nbsp;1009 &nbsp; &nbsp;3024 &nbsp; &nbsp;. &nbsp; &nbsp; &nbsp; + &nbsp; &nbsp; &nbsp; . &nbsp; &nbsp; &nbsp; ID=jasoO49340<br>
scaffold_4515 &nbsp; Swiss_Prot &nbsp; &nbsp; &nbsp;exon &nbsp; &nbsp;1009 &nbsp; &nbsp;1134 &nbsp; &nbsp;. &nbsp; &nbsp; &nbsp; + &nbsp; &nbsp; &nbsp; . &nbsp; &nbsp; &nbsp; Parent=jasoO49340<br>
scaffold_4515 &nbsp; Swiss_Prot &nbsp; &nbsp; &nbsp;exon &nbsp; &nbsp;2581 &nbsp; &nbsp;3024 &nbsp; &nbsp;. &nbsp; &nbsp; &nbsp; + &nbsp; &nbsp; &nbsp; . &nbsp; &nbsp; &nbsp; Parent=jasoO49340<br>
<br>
2. &nbsp;I get an output that looks like this:<br>
Preparing data for inserting into the chado database<br>
(This may take a while ...)<br>
Can&#39;t bind a reference (Bio::Annotation::SimpleValue=HASH(0x18c3470)) at /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.0/Bio/GMOD/DB/Adapter.pm line 972, &lt;GEN0&gt; line 1.<br>
Database handle destroyed without explicit disconnect.<br>
<br>
<br>
3. Then I beat my head against the wall. &nbsp;Nothing gets inserted into the database.<br>
<br>
<br>
Can you clue me in as to why this message error message appears and what it means?<br>
<br>
Thank you<br><font color="#888888">
<br>
Jason Phillips<br>
</font></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Was this helpful? Let us know at <a href="http://gmod.org/Help_Desk_Feedback">http://gmod.org/Help_Desk_Feedback</a><br>
<div style="border: 1px solid gray; position: absolute; left: 0px; top: 0px; width: 16px; height: 16px; background-image: url(data:image/png;base64,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); background-repeat: no-repeat; background-color: rgb(238, 238, 238); cursor: pointer; z-index: 65535; display: none;">
</div></div>