I just realized that the example I gave you was not the one I had intended to. I had found that the install_path and output_path should be to the same place. I still get the errors though. I am really sorry about causing any confusion.<br>
<br>Thanks,<br>Chris<br><br>Here is the proper output:<br><br>t<span style="font-family: courier new,monospace;">urnkey_generate --use_web_caching=0 --search_engine=lucene --output_type=web_mod_perl --dbuser=postgres --dbpass= --dbhost=localhost --wwwemail=admin@host --sqlfile_path=/var/lib/gmod/src/chado/modules/default_nofuncs.sql --skip_tables=affymetrixprobeset,affymetrixprobe,affymetrixcel,affymetrixsnp,affymetrixmas5,affymetrixdchip,affymetrixvsn,affymetrixsea,affymetrixplier,affymetrixdabg,affymetrixrma,affymetrixgcrma,affymetrixprobesetstat&nbsp; --dbname=chado-Sce-S228C --output_path=/var/www/Sce2/S228C --install_path=/var/www/Sce2/S228C --dbport=5432 --concat=Sce2S228C --uri_prefix=Sce2/S228C --virtual=N --wwwport=80 --wwwhost=localhost --usedemo=1 --demo=gmod-web-Sce --sqlfairy_path=/usr/bin/sqlt&nbsp; +------------------------------------------------------------------+ |&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; TURNKEY INSTALLATION HELP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">+------------------------------------------------------------------+</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">perl turnkey_generate</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">If the file &quot;build.conf&quot; can be found from a previous run of the</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">turnkey_generate, you will be prompted to confirm the values saved in</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">this file.&nbsp; Please set your TURNKEY_ROOT environment variable before</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">running this script.&nbsp; Arguments can be provided on the command</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">line (such as --dbhost=foo), interactively, or with a build.conf file.</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">Building with the following options:\nINSTALL_PATH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; /var/www/Sce2/S228C</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">PACKAGE</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">SEARCH_ENGINE&nbsp;&nbsp; lucene</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">DEMO&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmod-web-Sce</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">WWWEMAIL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; admin@host</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">OUTPUT_TYPE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; web_mod_perl</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">DBNAME&nbsp; chado-Sce-S228C</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">SQLFILE_PATH&nbsp;&nbsp;&nbsp; /var/lib/gmod/src/chado/modules/default_nofuncs.sql</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">CONCAT&nbsp; Sce2S228C</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">WWWHOST localhost</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">JDBC_DRIVER_STR</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">USE_WEB_CACHING 0</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">SKIP_TABLES&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; affymetrixprobeset,affymetrixprobe,affymetrixcel,affymetrixsnp,affymetrixmas5,affymetrixdchip,affymetrixvsn,affymetrixsea,affymetrixplier,affymetrixdabg,affymetrixrma,affymetrixgcrma,affymetrixprobesetstat</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">SQLFAIRY_PATH&nbsp;&nbsp; /usr/bin/sqlt</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">DBHOST&nbsp; localhost</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">DBUSER&nbsp; postgres</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">USEDEMO 1</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">OUTPUT_PATH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; /var/www/Sce2/S228C</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">DBPORT&nbsp; 5432</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">WWWPORT 80</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">DBPASS</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">VIRTUAL N</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">URI_PREFIX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Sce2/S228C</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">JDBC_CONNECTION_STR</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">HIBERNATE_SQL_DIALECT</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">Building with the following options:</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; DBHOST&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = localhost</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; DBPORT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5432</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; VIRTUAL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = N</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; WWWHOST&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = localhost</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; WWWPORT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 80</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; WWWEMAIL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = admin@host</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; DBNAME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = chado-Sce-S228C</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; DBUSER&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = postgres</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; DBPASS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; OUTPUT_PATH&nbsp;&nbsp; = /var/www/Sce2/S228C</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; INSTALL_PATH&nbsp; = /var/www/Sce2/S228C</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; SQLFILE_PATH&nbsp; = /var/lib/gmod/src/chado/modules/default_nofuncs.sql</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; SKIP_TABLES&nbsp;&nbsp; = affymetrixprobeset,affymetrixprobe,affymetrixcel,affymetrixsnp,affymetrixmas5,affymetrixdchip,affymetrixvsn,affymetrixsea,affymetrixplier,affymetrixdabg,affymetrixrma,affymetrixgcrma,affymetrixprobesetstat</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; SQLFAIRY_PATH = /usr/bin/sqlt</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; CONCAT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Sce2S228C</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; URI_PREFIX&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Sce2/S228C</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; USEDEMO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; DEMO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = gmod-web-Sce</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">Parsing schema in &#39;/var/lib/gmod/src/chado/modules/default_nofuncs.sql&#39;...Conf file: /var/lib/gmod/src/chado/modules/default_nofuncs.sql</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">done!</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">Installing log4perl.conf in /var/www/Sce2/S228C/conf...</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">Generating Turnkey...</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; +Creating directories...done!</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; +Copying Turnkey framework files to &#39;/var/www/Sce2/S228C&#39;...done!</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; +Making soap settings file...done!</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; +Making httpd files...done!</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; +Making XML configuration file...done!</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; +Making object/relational Model classes...done!</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; +Making Atom display classes...done!</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; +Making default Atom display classes...done!</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; +Making default Search settings file...done!</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; +Making default header file...done!</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; +Making edit file...done!</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; +Making default Atom display templates...done!</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">Argument &quot;&quot; isn&#39;t numeric in subtraction (-) at /usr/share/doc/turnkey-1.3/tt2/default/includes/hit_links.tt2 line 2.</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">Argument &quot;&quot; isn&#39;t numeric in subtraction (-) at /usr/share/doc/turnkey-1.3/tt2/default/includes/hit_links.tt2 line 2.</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">Argument &quot;&quot; isn&#39;t numeric in addition (+) at /usr/share/doc/turnkey-1.3/tt2/default/includes/hit_links.tt2 line 8.</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">Argument &quot;&quot; isn&#39;t numeric in addition (+) at /usr/share/doc/turnkey-1.3/tt2/default/includes/hit_links.tt2 line 8.</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">Argument &quot;&quot; isn&#39;t numeric in numeric lt (&lt;) at /usr/share/doc/turnkey-1.3/tt2/default/includes/hit_links.tt2 line 8.</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; +Making search plugin template...done!</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; +Making root Turnkey object...done!</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; +Making default ini file...done!</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; +Making default index.html file...done!</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">&nbsp; +Making customized demo files...done!</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">+------------------------------------------------------------------+</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">| Turnkey installation is complete.&nbsp; Now, add a line like:</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">|</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">|&nbsp;&nbsp; Include /var/www/Sce2/S228C/conf/httpd.conf</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">|</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">| to your base httpd.conf file, and restart Apache.</span><br style="font-family: courier new,monospace;"><span style="font-family: courier new,monospace;">+------------------------------------------------------------------+</span><br>
<br><div class="gmail_quote"><br><br>the errorlog still shows this problem after I restart httpd and try looking at where the site should be:<br><span style="font-family: courier new,monospace;">Not using cache for: /Sce2/S228C/db/index at /var/www/Sce2/S228C/lib/TurnkeySce2S228C/Render.pm line 72.</span><br style="font-family: courier new,monospace;">
<span style="font-family: courier new,monospace;">[Tue Mar 18 08:29:47 2008] [error] [client <a href="http://127.0.0.1">127.0.0.1</a>] TurnkeySce2S228C::Request _init_dbobject() failed at /var/www/Sce2/S228C/lib/TurnkeySce2S228C/Root.pm line 83\n\tTurnkeySce2S228C::Root::die(&#39;TurnkeySce2S228C::Request=HASH(0xbf14ad0)&#39;, &#39;TurnkeySce2S228C::Request _init_dbobject() failed&#39;) called at /var/www/Sce2/S228C/lib/TurnkeySce2S228C/Request.pm line 218\n\tTurnkeySce2S228C::Request::init(&#39;TurnkeySce2S228C::Request=HASH(0xbf14ad0)&#39;, &#39;r&#39;, &#39;Apache::ParseFormData=SCALAR(0xaa95318)&#39;) called at /var/www/Sce2/S228C/lib/TurnkeySce2S228C/Request.pm line 153\n\tTurnkeySce2S228C::Request::new(&#39;TurnkeySce2S228C::Request&#39;, &#39;r&#39;, &#39;Apache::ParseFormData=SCALAR(0xaa95318)&#39;) called at /var/www/Sce2/S228C/lib/TurnkeySce2S228C/Render.pm line 75\n\tTurnkeySce2S228C::Render::handler(&#39;Apache::ParseFormData=SCALAR(0xaa95318)&#39;) called at -e line 0\n\teval {...} called at -e line 0\n</span><br>
<br><br><br><br>On Mon, Mar 17, 2008 at 4:16 PM, Dave Clements, GMOD Help Desk &lt;<a href="mailto:gmodhelp@googlemail.com" target="_blank">gmodhelp@googlemail.com</a>&gt; wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">


Chris,<br>
<br>
I am forwarding your question on to the Turnkey mailing list, as<br>
someone on that list may be able to answer your question.<br>
Unfortunately, I have not yet worked with Turnkey/GMODWeb. &nbsp;There are<br>
several known issues with Turnkey/GMODWeb and you may have hit one of<br>
them.<br>
<br>
Thank you for sending so much information. &nbsp;Often, we don&#39;t get enough.<br>
<br>
Regards,<br>
<br>
Dave Clements<br>
<font color="#888888">GMOD Help Desk<br>
</font><div><div></div><div><br>
On Mon, Mar 17, 2008 at 12:47 PM, Chris Childers &lt;<a href="mailto:genetics.guy@gmail.com" target="_blank">genetics.guy@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt; Hello,<br>
&gt;<br>
&gt; I&#39;ve been trying to set up a MOD website using GMODWeb, using the<br>
&gt; reccomended method of CENTOS4 and the RPMs available through<br>
&gt; <a href="http://biopackages.net" target="_blank">biopackages.net</a>, with mixed success. The MOD website included in the install<br>
&gt; (Aliased to localhost/GmodWeb)generates a &quot;500 Internal Server Error&quot;, while<br>
&gt; the two sample databases and sites seem to install and load just fine. I<br>
&gt; then tried making a MOD website for one of our Chado databases, hosted on<br>
&gt; another server (with no success). I was not certain about being able to<br>
&gt; access a remote database in this way, so I decided to try something simpler:<br>
&gt; to recreate one of the existing MOD sites that I had installed via RPM.<br>
&gt;<br>
&gt; I attempted to create a second Sce database website by taking the sample<br>
&gt; turnkey generate statement from the website and supplementing that with<br>
&gt; information I was able to glean from the turnkey_generate code and the<br>
&gt; &quot;gmod-web.spec&quot; file in &quot;gmod-web-1.3-1.29.bp.centos4.src.rpm&quot; (I am pretty<br>
&gt; sure that was the rpm that installs the Sce demo site). I then added the<br>
&gt; suggested line to the base httpd.conf file, and this also resulted in a 500<br>
&gt; Internal Server Error. I have tried modifying different settings and<br>
&gt; locations in the hopes that something simple was set incorrectly, but<br>
&gt; nothing I have tried has worked.<br>
&gt;<br>
&gt; I apologize for including so much text below, but I though it would be<br>
&gt; better if I included more information instead of less. I have been trying to<br>
&gt; work through this for some time now, and wanted to exhaust all of my ideas<br>
&gt; before bothering you guys. Any suggestions, tips or advice you might have<br>
&gt; would be greatly appreciated.<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Thank You For Your Time,<br>
&gt; Chris Childers<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; The command I used to invoke turnkey_generate is as follows:<br>
&gt;<br>
&gt; turnkey_generate --use_web_caching=0 --search_engine=lucene<br>
&gt; --output_type=web_mod_perl --dbuser=postgres --dbpass= --dbhost=localhost<br>
&gt; --wwwemail=admin@host<br>
&gt; --sqlfile_path=/var/lib/gmod/src/chado/modules/default_nofuncs.sql<br>
&gt; --skip_tables=affymetrixprobeset,affymetrixprobe,affymetrixcel,affymetrixsnp,affymetrixmas5,affymetrixdchip,affymetrixvsn,affymetrixsea,affymetrixplier,affymetrixdabg,affymetrixrma,affymetrixgcrma,affymetrixprobesetstat<br>



&gt; --dbname=chado-Sce-S228C --output_path=/tmp/var/www/Sce2/S228C<br>
&gt; --install_path=/var/www/Sce2/S228C --dbport=5432 --concat=Sce2S228C<br>
&gt; --uri_prefix=Sce2/S228C --virtual=N --wwwport=80 --wwwhost=localhost<br>
&gt; --usedemo=1 --demo=gmod-web-Sce --sqlfairy_path=/usr/bin/sqlt<br>
&gt;<br>
&gt; Resulting in this output:<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; +------------------------------------------------------------------+<br>
&gt; | &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; TURNKEY INSTALLATION HELP &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;|<br>
&gt; &nbsp;+------------------------------------------------------------------+<br>
&gt;<br>
&gt; &nbsp;perl turnkey_generate<br>
&gt;<br>
&gt; If the file &quot;build.conf&quot; can be found from a previous run of the<br>
&gt; &nbsp;turnkey_generate, you will be prompted to confirm the values saved in<br>
&gt; this file. &nbsp;Please set your TURNKEY_ROOT environment variable before<br>
&gt; &nbsp;running this script. &nbsp;Arguments can be provided on the command<br>
&gt; line (such as --dbhost=foo), interactively, or with a build.conf file.<br>
&gt;<br>
&gt; Building with the following options:\nINSTALL_PATH &nbsp; &nbsp; &nbsp;/var/www/Sce2/S228C<br>
&gt; &nbsp;PACKAGE<br>
&gt; SEARCH_ENGINE &nbsp; lucene<br>
&gt; &nbsp;DEMO &nbsp; &nbsp;gmod-web-Sce<br>
&gt; WWWEMAIL &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;admin@host<br>
&gt; &nbsp;OUTPUT_TYPE &nbsp; &nbsp; web_mod_perl<br>
&gt; DBNAME &nbsp;chado-Sce-S228C<br>
&gt; &nbsp;SQLFILE_PATH &nbsp; &nbsp;/var/lib/gmod/src/chado/modules/default_nofuncs.sql<br>
&gt; CONCAT &nbsp;Sce2S228C<br>
&gt; &nbsp;WWWHOST localhost<br>
&gt; JDBC_DRIVER_STR<br>
&gt; &nbsp;USE_WEB_CACHING 0<br>
&gt; SKIP_TABLES<br>
&gt; affymetrixprobeset,affymetrixprobe,affymetrixcel,affymetrixsnp,affymetrixmas5,affymetrixdchip,affymetrixvsn,affymetrixsea,affymetrixplier,affymetrixdabg,affymetrixrma,affymetrixgcrma,affymetrixprobesetstat<br>
&gt; &nbsp;SQLFAIRY_PATH &nbsp; /usr/bin/sqlt<br>
&gt; DBHOST &nbsp;localhost<br>
&gt; &nbsp;DBUSER &nbsp;postgres<br>
&gt; USEDEMO 1<br>
&gt; &nbsp;OUTPUT_PATH &nbsp; &nbsp; /tmp/var/www/Sce2/S228C<br>
&gt; DBPORT &nbsp;5432<br>
&gt; &nbsp;WWWPORT 80<br>
&gt; DBPASS<br>
&gt; &nbsp;VIRTUAL N<br>
&gt; URI_PREFIX &nbsp; &nbsp; &nbsp;Sce2/S228C<br>
&gt; &nbsp;JDBC_CONNECTION_STR<br>
&gt; HIBERNATE_SQL_DIALECT<br>
&gt;<br>
&gt; Building with the following options:<br>
&gt; &nbsp; DBHOST &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= localhost<br>
&gt; &nbsp; &nbsp;DBPORT &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 5432<br>
&gt; &nbsp; VIRTUAL &nbsp; &nbsp; &nbsp; = N<br>
&gt; &nbsp; &nbsp;WWWHOST &nbsp; &nbsp; &nbsp; = localhost<br>
&gt; &nbsp; WWWPORT &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 80<br>
&gt; &nbsp; &nbsp;WWWEMAIL &nbsp; &nbsp; &nbsp;= admin@host<br>
&gt; &nbsp; DBNAME &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= chado-Sce-S228C<br>
&gt; &nbsp; &nbsp;DBUSER &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= postgres<br>
&gt; &nbsp; DBPASS &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;=<br>
&gt; &nbsp; &nbsp;OUTPUT_PATH &nbsp; = /tmp/var/www/Sce2/S228C<br>
&gt; &nbsp; INSTALL_PATH &nbsp;= /var/www/Sce2/S228C<br>
&gt; &nbsp; &nbsp;SQLFILE_PATH &nbsp;= /var/lib/gmod/src/chado/modules/default_nofuncs.sql<br>
&gt; &nbsp; SKIP_TABLES &nbsp; =<br>
&gt; affymetrixprobeset,affymetrixprobe,affymetrixcel,affymetrixsnp,affymetrixmas5,affymetrixdchip,affymetrixvsn,affymetrixsea,affymetrixplier,affymetrixdabg,affymetrixrma,affymetrixgcrma,affymetrixprobesetstat<br>
&gt; &nbsp; &nbsp;SQLFAIRY_PATH = /usr/bin/sqlt<br>
&gt; &nbsp; CONCAT &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= Sce2S228C<br>
&gt; &nbsp; &nbsp;URI_PREFIX &nbsp; &nbsp;= Sce2/S228C<br>
&gt; &nbsp; USEDEMO &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1<br>
&gt; &nbsp; &nbsp;DEMO &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= gmod-web-Sce<br>
&gt;<br>
&gt; Parsing schema in<br>
&gt; &#39;/var/lib/gmod/src/chado/modules/default_nofuncs.sql&#39;...Conf file:<br>
&gt; /var/lib/gmod/src/chado/modules/default_nofuncs.sql<br>
&gt; &nbsp;done!<br>
&gt; Installing log4perl.conf in /tmp/var/www/Sce2/S228C/conf...<br>
&gt; &nbsp;Generating Turnkey...<br>
&gt; &nbsp; +Creating directories...done!<br>
&gt; &nbsp; &nbsp;+Copying Turnkey framework files to &#39;/tmp/var/www/Sce2/S228C&#39;...done!<br>
&gt; &nbsp; +Making soap settings file...done!<br>
&gt; &nbsp; &nbsp;+Making httpd files...done!<br>
&gt; &nbsp; +Making XML configuration file...done!<br>
&gt; &nbsp; &nbsp;+Making object/relational Model classes...done!<br>
&gt; &nbsp; +Making Atom display classes...done!<br>
&gt; &nbsp; &nbsp;+Making default Atom display classes...done!<br>
&gt; &nbsp; +Making default Search settings file...done!<br>
&gt; &nbsp; &nbsp;+Making default header file...done!<br>
&gt; &nbsp; +Making edit file...done!<br>
&gt; &nbsp; &nbsp;+Making default Atom display templates...done!<br>
&gt; Argument &quot;&quot; isn&#39;t numeric in subtraction (-) at<br>
&gt; /usr/share/doc/turnkey-1.3/tt2/default/includes/hit_links.tt2 line 2.<br>
&gt; &nbsp;Argument &quot;&quot; isn&#39;t numeric in subtraction (-) at<br>
&gt; /usr/share/doc/turnkey-1.3/tt2/default/includes/hit_links.tt2 line 2.<br>
&gt; &nbsp;Argument &quot;&quot; isn&#39;t numeric in addition (+) at<br>
&gt; /usr/share/doc/turnkey-1.3/tt2/default/includes/hit_links.tt2 line 8.<br>
&gt; &nbsp;Argument &quot;&quot; isn&#39;t numeric in addition (+) at<br>
&gt; /usr/share/doc/turnkey-1.3/tt2/default/includes/hit_links.tt2 line 8.<br>
&gt; &nbsp;Argument &quot;&quot; isn&#39;t numeric in numeric lt (&lt;) at<br>
&gt; /usr/share/doc/turnkey-1.3/tt2/default/includes/hit_links.tt2 line 8.<br>
&gt; &nbsp; &nbsp;+Making search plugin template...done!<br>
&gt; &nbsp; +Making root Turnkey object...done!<br>
&gt; &nbsp; &nbsp;+Making default ini file...done!<br>
&gt; &nbsp; +Making default index.html file...done!<br>
&gt; &nbsp; &nbsp;+Making customized demo files...done!<br>
&gt;<br>
&gt; +------------------------------------------------------------------+<br>
&gt; &nbsp;| Turnkey installation is complete. &nbsp;Now, add a line like:<br>
&gt; |<br>
&gt; &nbsp;| &nbsp; Include /var/www/Sce2/S228C/conf/httpd.conf<br>
&gt; |<br>
&gt; &nbsp;| to your base httpd.conf file, and restart Apache.<br>
&gt; +------------------------------------------------------------------+<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; I included this line in my base httpd.conf file, below the other lines<br>
&gt; generated by the rpm installs, then restarted Apache, and browsed over to<br>
&gt; <a href="http://localhost/Sce2/S228C/" target="_blank">http://localhost/Sce2/S228C/</a><br>
&gt; &nbsp;This also causes Apache to throw out 500 errors, and after culling the log<br>
&gt; files, I saw the following in /etc/httpd/logs/error_log:<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; [Mon Mar 17 15:34:55 2008] [error] [client <a href="http://127.0.0.1" target="_blank">127.0.0.1</a>]<br>
&gt; TurnkeySce2S228C::Request _init_dbobject() failed at<br>
&gt; /var/www/Sce2/S228C/lib/TurnkeySce2S228C/Root.pm line<br>
&gt; 83\n\tTurnkeySce2S228C::Root::die(&#39;TurnkeySce2S228C::Request=HASH(0xdc1c528)&#39;,<br>
&gt; &#39;TurnkeySce2S228C::Request _init_dbobject() failed&#39;) called at<br>
&gt; /var/www/Sce2/S228C/lib/TurnkeySce2S228C/Request.pm line<br>
&gt; 218\n\tTurnkeySce2S228C::Request::init(&#39;TurnkeySce2S228C::Request=HASH(0xdc1c528)&#39;,<br>
&gt; &#39;r&#39;, &#39;Apache::ParseFormData=SCALAR(0xdc1c660)&#39;) called at<br>
&gt; /var/www/Sce2/S228C/lib/TurnkeySce2S228C/Request.pm line<br>
&gt; 153\n\tTurnkeySce2S228C::Request::new(&#39;TurnkeySce2S228C::Request&#39;, &#39;r&#39;,<br>
&gt; &#39;Apache::ParseFormData=SCALAR(0xdc1c660)&#39;) called at<br>
&gt; /var/www/Sce2/S228C/lib/TurnkeySce2S228C/Render.pm line<br>
&gt; 75\n\tTurnkeySce2S228C::Render::handler(&#39;Apache::ParseFormData=SCALAR(0xdc1c660)&#39;)<br>
&gt; called at -e line 0\n\teval {...} called at -e line 0\n<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
</div></div></blockquote></div><br>